La etapa de la emancipación en el Perú empieza con la rebelión de José Gabriel Condorcanqui, Túpac Amaru II, noble indígena que se levantó contra los abusos del corregidor y la administración del virreinato. El 4 de noviembre de 1780, Túpac Amaru II tomó prisionero al corregidor de la provincia de Tinta, en Cusco y poco tiempo lo condenó a muerte.

Este hecho obligó a una dura represión por parte del virrey. Las fuerzas incas tuvieron varias victorias, pero finalmente fueron derrotadas el 5 de abril. Túpac Amaru II fue capturado y ejecutado junto a toda su familia el 18 de mayo del mismo año. Se calcula que unas cien mil personas fallecieron en estas rebeliones.

A pesar de la derrota indígena, esta rebelión tuvo una gran trascendencia en la sociedad colonial, es sabido que en este movimiento no sólo participaron indígenas, sino también algunos criollos que habían ayudado a financiar esta lucha, su objetivo era dejar de seguir pagando impuestos a la corona española. Para evitar futuros levantamientos se suprimieron los curacazgos, reemplazándolos por los alcaldes de indios; se prohibió el uso de trajes incas y se mandó destruir los retratos de los incas, además que se prohibió los escritos en quechua.

El arribo del general argentino José de San Martín, el 8 de setiembre de 1820, significó una nueva etapa en la lucha por la independencia. San Martín venía de liberar Chile, (5 de abril de 1818) luego de vencer al ejército español en la batalla de Maipú.

San Martín, llegó al Perú con un ejército de aproximadamente 4 000 soldados, sin embargo, este ejército fue ganando adeptos producto de las deserciones de soldados que pertenecían al ejército realista. En diferentes ciudades del Perú, los ciudadanos a favor de la independencia organizaron actos de proclamación.

El virrey La Serna consideró que la mejor manera de conservar su cargo era trasladándose a la sierra. Esto permitió que Lima quedara a merced del ejército patriota. Don José de San Martín ingresó triunfante a la capital el 6 de junio de 1821. Posteriormente se proclamó la independencia del Perú, el 28 de julio de 1821.
Se estableció el Protectorado como forma de gobierno, encabezado por San Martín. El proyecto del protector era conservador, la idea era buscar en España un príncipe que se hiciera cargo del trono del Perú.

En julio de 1822 el general José de San Martín viajó a Guayaquil con el fin de entrevistarse con el general venezolano Simón Bolívar. Esta reunión no fue favorable para San Martín, por lo que decidió abandonar el Perú, el 20 de setiembre de 1822.