Está ubicado a veinte minutos en auto desde Leymebamba y a unos cuarenta minutos a pie. El museo fue inaugurado el año 2001 y fue construido gracias a la gestión de Adriana Von Hagen y Sonia Guillén (representantes del Centro Mallqui), quienes lograron parte del financiamiento gracias al aporte de algunos amigos de Austria.

La construcción ha tratado de rescatar parte de la arquitectura del lugar, como es el uso de la piedra y la forma circular de las casas Chachapoya. El museo se construyó para albergar a las 230 momias, que fueron rescatadas de la Laguna de los Cóndores. Las cuales inicialmente fueron almacenadas en una casa particular.

La visita comienza con una sala dedicada a ofrecer una reseña de la Cultura Chachapoyas y su relación con las otras culturas del Perú y del Mundo, para lo cual hay un cuadro cronológico comparativo. La visita continua con una maqueta de la Laguna de los Cóndores, y un interesante grupo de mates con diseños antropomorfos.

En otra sala se exhibe un dintel de madera tallado donde se representa un reptil atrapando a un sapo, este dintel fue hallado en el valle de los Chilchos.

También hay maquetas que grafican las formas de entierro de los Chachapoya:

1) TIPO SARCOFAGO; con maquetas de Karajía y Pueblo de los Muertos.

2) TIPO MAUSOLEO; con algunos ejemplos de Revash, Laguna de los Cóndores y los Pinchudos.

Es sorprendente observar los textiles y su buen estado de conservación, destacando por su técnica uno que tiene 3 metros de largo. Asimismo, se pueden apreciar los quipus del tiempo Inca hallados en la Laguna.

Las cajas de madera que fueron utilizadas por los Chachapoyas para el transporte de las momias también están en exhibición en los ambientes del museo.

Dentro de un ambiente especialmente acondicionado a temperatura y humedad de 50 a 60 % reposan las momias, casi todas están envueltas en textiles. Sobre la parte que cubría el rostro, se bordaban los ojos y la boca. Las pocas que han sido desenfardadas permiten notar el magnifico grado de conservación, dejando ver sus dientes completos, y sus largos cabellos. Si le gustan las orquídeas, el museo cuenta con un jardín de 50 variedades.