La primera ciudad fundada por los españoles fue San Miguel de Piura, sin fecha exacta, que tal vez fue el 7 de julio de 1532. Francisco Pizarro, luego de fundar San Miguel, partió rumbo Jayanca, Túcume y Saña para llegar a Cajamarca el 25 de noviembre de 1532, donde luego de capturar al Inca Atahualpa y ejecutarlo el 26 de julio de 1533 salió con destino al Cuzco (11 de agosto) siguiendo la ruta de Huamachuco – Callejón de Huaylas – Tarma y Jauja, para llegar finalmente el 14 de noviembre de 1533.

Luego de la fundación hispana del Cuzco (23 de marzo de 1534) llegaron noticias acerca de la expedición del gobernador de Guatemala, adelantado Pedro de Alvarado quien se acercaba al Perú desde el Ecuador. Por tal motivo, Diego de Almagro fue encomendado a detenerlo en su incursión.

Mientras tanto, Francisco Pizarro fue con destino al valle del Mantaro, donde fundó Jauja el 25 de abril de 1534, siendo ésta la segunda ciudad fundada en el Perú. Almagro logró entrevistarse con Alvarado en las cercanías de Quito y firmar un acuerdo (agosto de 1534) comprometiéndose a pagar la suma de 100 000 pesos a cambio que Pedro de Alvarado renunciase en su intento de conquista. Tal negociación debería ser finiquitada por Pizarro. Para estos ambos personajes viajaron con destino al santuario de Pachacamac, arribando al lugar el primer día de 1535.

Fue en el trayecto a Pachacamac que Diego de Almagro se detuvo a establecer el lugar para la fundación de la villa de Trujillo, nombre dedicado a la tierra natal de Pizarro. Es difícil precisar la fecha exacta, pues no existen las actas. Lo único seguro es que se hizo a fines de 1534.

Martín de Estete fue comisionado por Almagro para delinear y dividir los solares. No se puede precisar el número de manzanas, se dice que fueron 24, cada una dividida en tres solares longitudinales. Trujillo quedó entonces delineada como un damero.

Esta forma de las ciudades españolas es de origen romano y fue actualizada a partir del renacimiento. Permitía una mayor seguridad, pues en caso de asedio, la población podía refugiarse en la Plaza Mayor, defendida por la artillería que controlaba todos sus accesos. Como Teniente Gobernador, Martín de Estete nombró como primeros alcaldes a Rodrigo Lozano y Blas de Atienza, dos de los 31 vecinos fundadores.

Francisco Pizarro luego de fundar la ciudad de Lima, el 18 de enero de 1535, arribó a Trujillo a oficializar su fundación. Lo hizo bajo el patronato del apóstol Santiago, el 5 de marzo de 1535, el propósito fue tener un núcleo urbano que estuviera a mitad de camino entre Lima y San Miguel, consolidándose así el territorio de Nueva Castilla que cubría de Ecuador al Cuzco de acuerdo a disposiciones del Rey. Se construyó primero la iglesia matriz, luego el Cabildo, la casa de la autoridad civil y luego la de los vecinos.