Es la iglesia más imponente de Cajamarca. El primer edificio fue terminado en 1579, fue luego demolida en 1687 para construir la actual iglesia. Ésta se empezó en 1699 bajo la advocación de San Antonio de Padua, la construcción demoró 80 años. El material fue donado por don Antonio Astopilco, que de esta manera ganó el derecho para él y su familia de ser sepultados en las catacumbas del templo.

Su fachada es de estilo barroco y consta de tres cuerpos:

El primer Cuerpo tiene cuatro hornacinas, dos a cada lado. A la izquierda la hornacina superior tiene la escultura de San Pascual Bailón y la inferior a san Juan Capristano; a la derecha en el mismo orden están San Bernardino y San Luis Obispo, al centro hay dos ángeles que sostienen la Tiara Papal.

En el segundo cuerpo, hay sólo dos hornacinas, en la del lado izquierdo está la escultura de San Pedro Nolasco y a la derecha Santa Clara de Asís.

En el tercer cuerpo hay tres hornacinas, a la izquierda está San Antonio, al centro, la virgen de la Inmaculada y a la derecha San Francisco de Asís. La fachada culmina con una escultura de Cristo al centro, flanqueado por los cuatro evangelistas, dos a cada lado. Las torres fueron terminadas recién en 1958.

En el interior destacan los retablos barrocos y los cuadros de estilo cusqueño, que representan pasajes de la vida de la virgen, éstos están colgados en la parte de las columnas.

Desde 1975, los claustros del convento franciscano fueron acondicionados como Museo de Arte Religioso.

Santuario de la Virgen de los Dolores

Se ubica al lado derecho de la iglesia San Francisco. La virgen de los Dolores es la Patrona de Cajamarca. La capilla fue construida en 1722. En su interior destacan la representación de la “Última Cena” y el “Lavado de los Pies”, trabajados en piedra.

El altar de la Virgen es de estilo gótico y data de mediados del siglo XIX. En las paredes del lado izquierdo de la capilla se pueden apreciar tres cuadros del siglo XVII, de autores anónimos, que representan los milagros de la virgen Dolorosa.