Es la festividad religiosa más importante de la ciudad de Lima. Cuenta la tradición que la devoción nació en el pueblo de Pachacamilla, ahí en 1651 un mulato pintó sobre un muro la imagen de Cristo crucificado. En 1655 y 1687 se produjeron dos fuertes terremotos que afectaron Lima, sin embargo el muro no se destruyó, por lo cual la gente consideró a ello como un milagro.

En octubre de 1687, a pedido de los devotos: Sebastián de Antuñano y Rivas se sacó en procesión una réplica del mural para que la gente pueda pedir la gracia divina luego de los desastres ocasionados por los terremotos.

En 1715 el cabildo lo nombró como Patrono de Lima y se fundó además la hermandad del Señor de los Milagros. Con el paso del tiempo se construyó un convento y una iglesia donde se guarda el muro original que está al cuidado de las madres nazarenas. Cada año en el mes de octubre sale desde aquí una réplica del Señor de los Milagros. El anda llega a pesar aproximadamente 1 300 kilos y es cargada por 40 cargadores.

Es una tradición para los fieles vestir de morado. De acuerdo a varias versiones esta tradición se inicia en 1677, y proviene del traje morado que cubría la figura de Cristo, visto en un sueño por una religiosa nazarena.